嘉興市第一醫院兒科是我市較早獨立于內、外科的臨床專科，早在上世紀60年代就已有專科醫師多名，經過幾十年發展，目前已成為三級亞專科設置齊全的專科。2023年成為嘉興市中醫藥重點學科。科室依托綜合性三甲醫院的優勢，擁有3.0核磁共振，320排螺旋CT，中心實驗室，精準醫學中心等先進設備及較全面的檢測手段，技術水平在嘉興市內領先，省內先進，學術地位也在不斷提高中。
現我科已擁有一批經驗豐富的專科醫師，主治醫師以上均赴上海、杭州等醫院專科進修，通過系統學習，專業理論知識扎實，又經過多年臨床實踐，積累了豐富的診治經驗，每個人各有專長，已分設小兒生長發育、小兒免疫、小兒呼吸、兒童哮喘、兒童鼾癥，小兒消化、小兒神經內科、小兒血液、小兒腎臟病等專業，并開設了相應的專科專家門診。
多年來，本院兒科以規范的診治方案，精湛的技術水平，良好的服務態度，得到了患兒家屬的認可。各三級專業都具有自己的特色。生長發育專科：生長發育專科于1996年在浙北地區首家開設生長發育專科門診，有20余年的歷史，目前是浙江省生長發育聯盟單位，嘉興市唯一擁有兒科內分泌GCP（國家藥物臨床試驗）資質的專科，目前已完成生長激素GCP項目2項，主持過10余次國家級、省級及市級繼教班，診治水平在省內領先，并有較高的知名度，年生長發育專科門診量達1萬余人次，目前專科有高級職稱醫師6名，主治醫師1名。在2021年的嘉興市質控中心生長發育專項檢查中我科排名嘉興地區第一名。科室通過生長貼，兒童性早熟方劑等手段在中西醫結合治療兒童矮小癥，性早熟等方面有豐富的經驗并取得了一定的成果。同時依托醫院精準試驗中心的建設，能開展全基因組測序，血尿串聯質譜等檢查，大大提高兒童罕見病如TURNER綜合癥，努南綜合征(Noonansyndrome)，Prader-Willi綜合征等疾病的精準診治水平。
小兒呼吸科：小兒呼吸科是我科傳統科室，呼吸系統疾病占兒科門診和住院的60%以上，近年來我院開展了小兒肺功能測定，FeNO檢測，呼吸衰竭兒童的呼吸支持，哮喘的規范化治療，兒童脫敏治療，睡眠障礙的多導監測，兒童肺部超聲檢查等方面均有較成熟的經驗，對于兒童重癥肺炎可以進行病原學的宏基因檢測。在兒童支氣管肺炎，哮喘等方面采取中西醫結合的方式在住院及門診病人中采用多穴位貼敷，輔以中藥熏蒸的治療取得了較好的療效，學科現有高級職稱醫師4名，中級職稱醫師3名，主持嘉興市及課題1項。計劃通過開展小兒推拿、三伏貼、膏方及西藥聯合治療用于預防兒童哮喘等呼吸道疾病，并開展兒童支氣管鏡檢查等項目，進一步提升對重癥肺炎、兒童哮喘等疾病的診治能力，進一步提升學科影響力。小兒血液科：兒童血液科一直是我科的優勢專科，地中海貧血，缺鐵性貧血，血小板減少性紫癜等疾病均有豐富的診治經驗，本科室從2020年起與浙江大學醫學院附屬兒童醫院的湯永民教授合作，建立了“湯永民教授工作室”，提高了本科室血液系統疾病的診治能力。在上海“新冠疫情”大規模流行期間，我科承擔了大量嘉興地區及周邊地區的“兒童白血病，再生障礙性貧血”等血液系統疾病兒童的化療工作，提升了科室在浙北地區的影響力。同時由于化療等藥物副作用較大，我們采用中西醫結合的方式將化療后的骨髓抑制等并發癥，通過中藥調節免疫使患兒順利度過危險期，取得了良好的效果。
我科注重臨床科研，多項課題曾獲省、市科技獎，每年均有多篇論文在各類國家級及省級雜志上發表。學科三年以來在SCI及中華系列等期刊上發表專業學術論文29篇；科研課題立項9項，其中省部級1項，廳局級8項。
學科每年組織醫聯體幫扶活動，每年舉辦國家級、省級、市級繼續教育學習班。做為國家級的規范化培訓專業基地，本科室也承擔了住院醫師規范化培訓工作及下級醫院的來院進修教育工作，為市本級醫院及基層醫院培養了許多醫務人員。同時擔任嘉興學院醫學院的《兒科學》本科教學工作，科室承擔了“SNAPPS教學聯合小組討論模式在兒科臨床實習帶教中的應用”等教改課題，學科帶頭人孫飛主任參與編寫《兒科住院醫師規范化培訓考核解題攻略》。科室成員在多次的教學比賽中屢獲佳績。
